Program Mega Faktury występuje w dwóch wersjach.
Wersja Standard
- Współpraca z lokalna bazą danych
- Wystawianie dokumentów: faktura, korekta, pro-forma
- Zapisywanie dokumentów w formacie pdf
- Wysyłanie dokumentów pocztą elektroniczną
Wersja Optimum
- Cechy wersji Standard
- Współpraca z sieciową bazą danych