Program Mega Kontroler występuje w dwóch wersjach:
Wersja Standard
- Współpraca z lokalną bazą danych
- Rejestracja dokumentów kosztowych
- Zapisywanie dokumentów w formacie pdf
- Wysyłanie dokumentów pocztą elektroniczną
Wersja Optimum
- Cechy wersji Standard
- Współpraca z sieciową bazą danych