Program Mega Zakupy występuje w dwóch wersjach:
Wersja Standard
- Współpraca z lokalna bazą danych
- Rejestracja dokumentów zakupu
- Zapisywanie dokumentów w formacie pdf
- Wysyłanie dokumentów pocztą elektroniczną
Wersja Optimum
- Cechy wersji Standard
- Współpraca z sieciową bazą danych
Wersja Premium
- Cechy wersji Optimum
- Słownik rachunków bankowych
- Generowanie plików importu przelewów do banków